在生理情况下，脑底动脉的各血管血流都有各自的血流方向，互相之间不会混杂，脑底动脉的各血管血流方向如图。 血流方向是判别颅内各血管的主要依据之一。
经颅多普勒能正确检测脑血流的方向，凡是血流的方向朝向探头，则在多普勒频谱图上显示正向频谱；血流方向背向探头，则在频谱图上显示负向频谱。   

通过血流方向判别血管技巧如下：

【经颞窗检测】

同侧大脑中动脉血流朝向探头，频谱图应显示正向频谱；

同侧大脑前动脉血流背离探头，频谱图应显示负向频谱；

颈内动脉终末段，血流朝向探头，频谱图显示正向频谱；

大脑中动脉和前动脉的分叉处，频谱图显示正向和负向并存的双向频谱；

大脑后动脉的交通前端血流朝向探头，显示正向频谱；

大脑后动脉的交通后端血流背离探头，显示负向频谱。

【经枕窗检测】

两侧锥动脉的血流及基底动脉的血流方向背离探头，显示负向频谱；

小脑后下动脉的血流方向朝向探头，显示正向频谱。 

以上为正常生理情况下的血流方向，但在病理情况下，脑底血管的血流方向常会发生变化。 因此，在某一侧血管的血流方向发现明显改变时，往往提示该血管存在着病例改变，也有利于对脑血管疾病的诊断。