由于颅骨较厚，骨质致密，对超声能起到严重的衰减作用，除了通过几个自然孔道外，超声束很难通过颅骨进入颅内。这几个已确立的能使超声束透过而没有过度衰减的通道就是经颅多普勒的“超声窗（ultrasonic windows）”。目前能用于临床的主要有3个窗：颞窗、眼窗和枕窗。

【颞窗】


颞窗位于颞弓的上方，在颧骨的顶部也就是从眼眶外缘至耳翼之间。颧骨的鳞状部分是最薄的骨质，对超声束的衰减也最少，有可能使超声束达到颅内Willis环的各个血管，而取得多普勒信号。
颞窗有3个不同的检测位置：前窗（AW）、中窗（MW）和后窗（PW）。
前窗位于颧骨前突的后面，靠近颧骨的顶部；
中窗位于前窗与后窗之间；
后窗位于耳翼之间。
前、中、后窗中，一般中窗是最常用的颞窗检测部件；很多老年人仅能从前窗或后窗中得到信号，中窗有时较难得到良好的信号。

【眼窗】


眼窗是指经过眼眶途径，通过视神经孔使超声束进入颅内。眼窗主要用于检测眼动脉及视网膜动脉。但从临床实践中发现，从眼眶检测颅内各血管（初颈内动脉虹吸部外）是并不可靠的，一般应慎用。
经眼窗检查，超声的发射功率不能大于10％～20％，过强的超声功率将可能引起晶状体的浑浊，产生白内障。经眼窗检查时，应尽可能缩短检查时间或进行间歇性检查，最大限度降低超声对眼睛的不良作用。

【枕窗】
经枕骨下枕骨大孔的途径使超声束达到基底动脉及锥动脉颅内段。